Skip to main content
SearchLoginLogin or Signup

Reviews of "Evaluation of the Impact of Concentration and Extraction Methods on the Targeted Sequencing of Human Viruses from Wastewater"

Reviewers: K Kondabagil ( ITT Bombay) | πŸ“—πŸ“—πŸ“—πŸ“—β—»οΈ β€’ C T DeGroot (Western University) | πŸ“—πŸ“—πŸ“—πŸ“—β—»οΈ β€’ H Child (University of Exeter) | πŸ“—πŸ“—πŸ“—πŸ“—β—»οΈ

Published onFeb 27, 2024
Reviews of "Evaluation of the Impact of Concentration and Extraction Methods on the Targeted Sequencing of Human Viruses from Wastewater"
key-enterThis Pub is a Review of
Evaluation of the impact of concentration and extraction methods on the targeted sequencing of human viruses from wastewater
Evaluation of the impact of concentration and extraction methods on the targeted sequencing of human viruses from wastewater
Description

Abstract Sequencing human viruses in wastewater is challenging due to their low abundance compared to the total microbial background. This study compared the impact of four virus concentration/extraction methods (Innovaprep, Nanotrap, Promega, Solids extraction) on probe-capture enrichment for human viruses followed by sequencing. Different concentration/extraction methods yielded distinct virus profiles. Innovaprep ultrafiltration (following solids removal) had the highest sequencing sensitivity and richness, resulting in the successful assembly of most near-complete human virus genomes. However, it was less sensitive in detecting SARS-CoV-2 by dPCR compared to Promega and Nanotrap. Across all preparation methods, astroviruses and polyomaviruses were the most highly abundant human viruses, and SARS-CoV-2 was rare. These findings suggest that sequencing success can be increased by using methods that reduce non-target nucleic acids in the extract, though the absolute concentration of total extracted nucleic acid, as indicated by Qubit, and targeted viruses, as indicated by dPCR, may not be directly related to targeted sequencing performance. Further, using broadly targeted sequencing panels may capture viral diversity but risks losing signals for specific low-abundance viruses. Overall, this study highlights the importance of aligning wet lab and bioinformatic methods with specific goals when employing probe-capture enrichment for human virus sequencing from wastewater.Synopsis Four concentration/extraction methods combined with probe-capture sequencing of human viruses in raw wastewater were compared. Innovaprep ultrafiltration with solids removal had the best performance for human virus detection sensitivity, richness, and recovery of near-complete genomes.

To read the original manuscript, click the link above.

Summary of Reviews: This study evaluates four concentration/extraction methods for probe-enrichment followed by human virus sequencing from wastewater samples. Different viral profiles were obtained from each method. The reviewers found this study to be well designed and conducted, with reliable results relevant to researchers working in the field of wastewater surveillance. Very minor comments were made regarding the choice of the four methods.

Reviewer 1 (Kiran K…) | πŸ“—πŸ“—πŸ“—πŸ“—β—»οΈ

Reviewer 2 (Christopher D…) | πŸ“—πŸ“—πŸ“—πŸ“—β—»οΈ

Reviewer 3 (Harry C…) | πŸ“—πŸ“—πŸ“—πŸ“—β—»οΈ

RR:C19 Strength of Evidence Scale Key

πŸ“• ◻️◻️◻️◻️ = Misleading

πŸ“™πŸ“™ ◻️◻️◻️ = Not Informative

πŸ“’πŸ“’πŸ“’ ◻️◻️ = Potentially Informative

πŸ“—πŸ“—πŸ“—πŸ“—β—»οΈ = Reliable

πŸ“˜πŸ“˜πŸ“˜πŸ“˜πŸ“˜ = Strong

To read the reviews, click the links below.Β 

Comments
55
?
Bande mr:

Magsimula ng masaya at panalong adventure sa supernova - https://supernova-ph.com! Mag-register ngayon at makakuha ng eksklusibong $100 bonus na magbibigay sa’yo ng edge sa bawat laro.

?
Bande mr:

Ang howl - https://howl-ph.com ay para sa mga panalo! Maging bagong miyembro at tanggapin ang iyong $100 welcome bonus. Simple lang ang prosesoβ€”mag-register, mag-deposito, at simulan ang kasiyahan!

?
Bande mr:

Bagong miyembro? Narito na ang iyong pagkakataon na maglaro gamit ang dagdag na $100 bonus. Magparehistro lamang sa jazz - https://jazz-ph.com at tangkilikin ang walang kapantay na gaming experience.

?
Bande mr:

Huwag palampasin ang pagkakataon! Sumali sa 500 casino - https://500-ph.com ngayon at tanggapin ang $100 bonus para sa iyong unang laro. Maglaro ng slots, roulette, o kahit sports betting gamit ang libreng pondo!

?
Bande mr:

Panalo agad sa highway - https://highway-ph.com! Magparehistro at makatanggap ng $100 bonus na maaari mong gamitin sa slots, table games, at marami pang iba. I-unlock ang iyong maswerteng simula at maglaro na!

?
Bande mr:

Ang swerte mo’y magsisimula sa sol - https://sol-ph.com! Mag-sign up bilang bagong miyembro at awtomatikong makakuha ng $100 bonus. Punan lamang ang simpleng form ng registration at i-enjoy ang mga premium na laro online.

?
Bande mr:

Magparehistro ngayon sa exclusive - https://exclusive-ph.com at tanggapin ang iyong $100 welcome bonus! Napakadaling sumali, at siguradong panalo ka na agad mula sa simula. Subukan ang slots, live casino, at sports betting na may dagdag na pondo para sa mas malaking pagkakataong manalo.

?
Bande mr:

Huwag magpahuli! Mag-sign up na sa pera play - https://pera-play-ph.com at gawing mas exciting ang iyong gaming journey gamit ang $100 welcome bonus.

?
Bande mr:

Ang $100 bonus ay sa’yo na! Magparehistro ngayon sa lucky cola - https://lucky-cola-ph.com at simulan ang panalong kwento.

?
Bande mr:

Panalo agad mula sa umpisa! Mag-sign up na sa niceph - https://niceph-ph.com at tamasahin ang libreng $100 bonus para sa mas maraming pagkakataong manalo.

?
Bande mr:

Ang 747 live - https://747-live-ph.com ay para sa lahat ng gustong manalo! Mag-register at i-enjoy ang $100 bonus na magdadagdag sa iyong laro.

?
Bande mr:

Huwag nang maghintay pa! Magparehistro na sa ph dream - https://ph-dream-ph.com at tanggapin ang iyong $100 welcome bonus.

?
Bande mr:

Ang $100 bonus ay para sa iyo! Mag-register na sa bingo plus - https://bingo-plus-ph.com at gawing mas masaya ang bawat laro.

?
Bande mr:

Panalo agad mula sa umpisa! Mag-sign up sa winning plus - https://winning-plus-ph.com at i-enjoy ang libreng $100 bonus para sa iyong unang laro.

?
Bande mr:

Ang tagumpay ay nasa escala gaming - https://escala-gaming-ph.com! Mag-register na at tanggapin ang $100 bonus bilang bagong miyembro.

?
Bande mr:

Huwag palampasin ang $100 welcome bonus ng aurora game - https://aurora-game-ph.com! Magparehistro na at simulan ang panalong kwento.

?
Bande mr:

Mag-sign up sa casino frenzy - https://casino-frenzy-ph.com at tamasahin ang $100 bonus na magbibigay ng dagdag na saya sa iyong gaming experience.

?
Bande mr:

Ang $100 welcome bonus ay sa’yo na! Magparehistro sa go perya - https://go-perya-ph.com ngayon at gawing sulit ang iyong unang laro.

?
Bande mr:

Ang iyong swerte ay naghihintay sa spinph - https://spinph-ph.com! Mag-sign up na at simulan ang masaya at panalong adventure.

?
Bande mr:

Ang slotsgo - https://slotsgo-ph.com ay para sa mga panalo! Mag-register bilang bagong miyembro at tanggapin ang eksklusibong $100 bonus.

?
Bande mr:

Panalo agad sa unang hakbang! Mag-sign up sa tongits go - https://tongits-go-ph.com at kunin ang $100 bonus para sa iyong kasiyahan.

?
Bande mr:

Huwag nang mag-atubili! Magparehistro na sa colorplay - https://colorplay-ph.com at tamasahin ang $100 bonus na magagamit sa iyong unang laro.

?
Bande mr:

Ang $100 bonus ay para sa lahat ng bagong miyembro! Mag-register na sa phcity - https://phcity-ph.com at gawing mas kapana-panabik ang bawat laro.

?
Bande mr:

Simple lang mag-sign up sa sabong bet - https://sabong-bet-ph.com! Kunin ang iyong $100 bonus at simulan ang masayang karanasan sa paglalaro.

?
Bande mr:

Ang tagumpay mo ay magsisimula sa kabibe game - https://kabibe-game-ph.com! Magparehistro ngayon at makuha ang $100 bonus na magdadagdag sa iyong panalo.

?
Bande mr:

Ang $100 bonus ay naghihintay sa’yo! Mag-register na sa big win - https://big-win-ph.com bilang bagong miyembro at tamasahin ang premium gaming experience.

?
Bande mr:

Huwag palampasin ang pagkakataon! Mag-sign up na sa win88 - https://win88-ph.com at i-enjoy ang $100 welcome bonus na magagamit sa anumang laro.

?
Bande mr:

Magsimula sa panalo! Sumali sa hellowin - https://hellowin-ph.com at tanggapin ang iyong $100 bonus para sa mas maraming pagkakataong manalo.

?
Bande mr:

Ang $100 bonus ay sa’yo na! Mag-register sa diamond game - https://diamond-game-ph.com at simulan ang masaya at panalong karanasan online.

?
Bande mr:

Simpleng proseso, malaking panalo! Magparehistro na sa 7up gaming - https://7up-gaming-ph.com at kunin ang $100 bonus para sa iyong unang laro.

?
Bande mr:

Ang tagumpay ay nagsisimula sa cgebet - https://cgebet-ph.com! Maging bagong miyembro at tamasahin ang dagdag na $100 bonus.

?
Bande mr:

Mag-sign up ngayon sa 8k8 - https://8k8-8.com at tanggapin ang $100 welcome bonus. Maging panalo mula sa simula!

?
Bande mr:

Huwag magpahuli! Ang phoenix game - https://phoenix-game-ph.com ay may espesyal na alok para sa mga bagong miyembroβ€”ang $100 bonus na magpapasaya sa iyong laro.

?
Bande mr:

Ang $100 bonus ay sa’yo na! Mag-register sa 55bmw - https://55bmw-88.com at simulan ang iyong gaming journey nang may dagdag na pondo.

?
Bande mr:

Panalo agad! Magparehistro bilang bagong miyembro sa jiliko - https://jiliko-8.com at tanggapin ang eksklusibong $100 bonus.

?
Bande mr:

Maging bahagi ng phlove - https://phlove-8.com at simulan ang panalo! Mag-sign up at tanggapin ang $100 bonus na magpapasaya sa iyong unang laro.

?
Bande mr:

Huwag palampasin ang alok ng nn777 - https://nn777-8.com! Magparehistro na at tanggapin ang $100 bonus para sa iyong unang taya.

?
Bande mr:

Ang $100 bonus ay naghihintay sa iyo! Mag-sign up na sa jili777 - https://jili777-8.com at gawing mas kapana-panabik ang bawat laro.

?
Bande mr:

Bagong simula, bagong swerte! Magparehistro sa nice88 - https://nice88-8.com ngayon at kunin ang iyong $100 welcome bonus. Mas malaking panalo, mas masayang laro!

?
Bande mr:

Ang $100 bonus ng ubet95 - https://ubet95-8.com ay para sa iyo! Maging bagong miyembro at i-enjoy ang libreng pondo para sa mas masayang paglalaro.

?
Bande mr:

Simulan ang iyong panalong kwento sa jolibet - https://jolibet-8.com! Mag-sign up na at tanggapin ang $100 bonus na magdadagdag sa iyong mga pagkakataong manalo.

?
Bande mr:

Ang swerte ay nasa iyong kamay! Magparehistro sa gold99 - https://gold99-8.com ngayon at tanggapin ang eksklusibong $100 bonus para sa mga bagong miyembro.

?
Bande mr:

Magsimula ng tama sa mwplay888 - https://mwplay888-8.com! Mag-sign up at tanggapin ang $100 welcome bonus para magamit sa slots, live casino, o sports betting.

?
Bande mr:

Ikaw ba’y naghahanap ng masuwerteng simula? Narito na ang 63jili - https://63jili-8.com na may $100 bonus para sa lahat ng bagong miyembro! Magparehistro na at tamasahin ang dagdag na pondo.

?
Bande mr:

Panalo mula sa simula! Sumali sa unobet - https://unobet-8.com bilang bagong miyembro at makatanggap ng $100 bonus na magagamit sa paborito mong laro.

?
Bande mr:

Huwag nang maghintay pa! Ang $100 welcome bonus ng phl63 - https://phl63-8.com ay para lamang sa mga bagong miyembro. Mag-register na at simulan ang kasiyahan online.

?
Bande mr:

Ang kasiyahan ay nagsisimula sa tayabet - https://tayabet-8.com! Mag-sign up na at tamasahin ang iyong $100 welcome bonus para mas maraming panalo. Siguradong sulit ang bawat taya!

?
Bande mr:

Magsimula ng masaya at panalong adventure sa rich711 - https://rich711-8.com! Mag-register ngayon at makakuha ng eksklusibong $100 bonus na magbibigay sa’yo ng edge sa bawat laro.

?
Bande mr:

Ang jili slot - https://jili-slot-8.com ay para sa mga panalo! Maging bagong miyembro at tanggapin ang iyong $100 welcome bonus. Simple lang ang prosesoβ€”mag-register, mag-deposito, at simulan ang kasiyahan!

?
Bande mr:

Bagong miyembro? Narito na ang iyong pagkakataon na maglaro gamit ang dagdag na $100 bonus. Magparehistro lamang sa jollibet - https://jollibet-8.com at tangkilikin ang walang kapantay na gaming experience.

?
Bande mr:

Huwag palampasin ang pagkakataon! Sumali sa melbet - https://melbet-8.com ngayon at tanggapin ang $100 bonus para sa iyong unang laro. Maglaro ng slots, roulette, o kahit sports betting gamit ang libreng pondo!

?
Bande mr:

Ang swerte mo’y magsisimula sa 99bet - https://99bet-8.com! Mag-sign up bilang bagong miyembro at awtomatikong makakuha ng $100 bonus. Punan lamang ang simpleng form ng registration at i-enjoy ang mga premium na laro online.

?
Bande mr:

Magparehistro ngayon sa inplay - https://inplay-8.com at tanggapin ang iyong $100 welcome bonus! Napakadaling sumali, at siguradong panalo ka na agad mula sa simula. Subukan ang slots, live casino, at sports betting na may dagdag na pondo para sa mas malaking pagkakataong manalo.

?
jack dawson:

Rocket Soccer Derby: Exciting blend of soccer and rocket-powered cars. Score goals, perform stunts, and compete worldwide in this thrilling sports game.